微生物的肥料包括微生物接種劑（微生物菌劑）、復合微生物肥料（菌肥）、生物有機肥（菌肥）三類。微生物的肥料在提高土壤肥力、防控根部病害、提高產品的品質等方面作用顯著，但是使用不當的效果會大打折扣。因此使用生物菌肥一定要注意以下幾方面：

一注意：不能與化學的農藥混用，否則會降低活性

微生物的肥料中含有活菌成分，將微生物的肥料與殺細菌藥劑混合使用且長時間放置，極易影響菌的活性降低并且造成部分菌死亡。

二注意：重視用量，若用量不足效果會打折扣使用微生物的肥料產品能取得好的效果，前提是要用足量。土壤中的微生物的種類繁多、數量巨大，接種的外來有益菌要形成優(yōu)勢的菌群，需要經歷來自環(huán)境的考驗和土壤原有的微生物的競爭，為了促進有益的菌的繁殖，需要人為創(chuàng)造有利于有益菌的生長的條件，如改良酸化土壤，調整土壤酸堿度；增施有機肥，提高土壤的物理性狀；增加微生物菌的數量等。

三注意：使用方法不當

微生物肥料使用方式靈活多樣。液體菌劑，可以用來拌種、浸種、噴施、蘸根、灌根；固體菌劑，可以用來拌種、蘸根、混播、混施。不同的使用方式對效果有一定的影響，應避免在土壤表層撒施、高溫強光下噴霧。做底肥、溝施、穴施、灌根使用時，采取局部用肥的方法，有利于肥效的發(fā)揮。與未腐熟的畜禽糞混合使用時，腐熟過程中的高溫對菌劑活性和數量會產生影響。因此，建議將畜禽糞腐熟后再混用。為更好的發(fā)揮微生物肥料效果，避免單一方式的使用，建議根據菌種的特性將以上方法組合使用。

微生物肥料，作用的發(fā)揮是建立在菌繁殖的基礎上的。繁殖需要時間，為了更好發(fā)揮肥料效力，應避免在作物已經出現脫肥或需肥高峰期使用。應將用肥時間提前到種植前或需肥高峰期來臨前10-15天。