微生物菌種基因資源為傳統(tǒng)產業(yè)特別是傳統(tǒng)農業(yè)的改造和轉型提供了不可替代的生物種質和基因資源，孕育和促進了我國新的生物技術產業(yè)尤其是農業(yè)高新技術產業(yè)的形成和壯大。目前我國一批擁有自主知識產權的重組微生物農藥、肥料和飼料用酶產品以及以農業(yè)微生物基因資源為基礎轉基因植物的產業(yè)規(guī)模在逐步擴大，直接依賴于農業(yè)微生物技術和基因資源的我國農業(yè)生物產業(yè)的三個主要領域生物農藥、生物肥料、飼料添加劑產品在2003年的年產值已達237億元。
我國地域遼闊，自然生態(tài)復雜，有著世界上復雜多樣的農業(yè)生態(tài)和各種污染形式的生態(tài)環(huán)境，是多種多樣的微生物賴以生存的條件，成為世界上微生物資源豐富的國家之一。